MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae R6 chromosome

Total Repeats: 33816

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003098	GAAA	2	8	3	10	75 %	0 %	25 %	0 %	15902045
2	NC_003098	AAGA	2	8	44	51	75 %	0 %	25 %	0 %	15902045
3	NC_003098	GAAATG	2	12	142	153	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15902045
4	NC_003098	AAC	2	6	164	169	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15902045
5	NC_003098	ATT	2	6	178	183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15902045
6	NC_003098	GTA	2	6	184	189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902045
7	NC_003098	GAA	2	6	271	276	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902045
8	NC_003098	AAAAG	2	10	345	354	80 %	0 %	20 %	0 %	15902045
9	NC_003098	GGA	2	6	463	468	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15902045
10	NC_003098	TTA	2	6	490	495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15902045
11	NC_003098	GAAAT	2	10	506	515	60 %	20 %	20 %	0 %	15902045
12	NC_003098	A	6	6	519	524	100 %	0 %	0 %	0 %	15902045
13	NC_003098	AT	3	6	546	551	50 %	50 %	0 %	0 %	15902045
14	NC_003098	TTA	2	6	566	571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15902045
15	NC_003098	GAT	2	6	652	657	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902045
16	NC_003098	A	7	7	675	681	100 %	0 %	0 %	0 %	15902045
17	NC_003098	GAA	2	6	694	699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902045
18	NC_003098	GAG	2	6	787	792	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15902045
19	NC_003098	A	8	8	999	1006	100 %	0 %	0 %	0 %	15902045
20	NC_003098	TGC	2	6	1029	1034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15902045
21	NC_003098	ATA	2	6	1217	1222	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15902045
22	NC_003098	GGAA	2	8	1238	1245	50 %	0 %	50 %	0 %	15902045
23	NC_003098	TCAT	2	8	1271	1278	25 %	50 %	0 %	25 %	15902045
24	NC_003098	AAAAT	2	10	1288	1297	80 %	20 %	0 %	0 %	15902045
25	NC_003098	TGAT	2	8	1301	1308	25 %	50 %	25 %	0 %	15902045
26	NC_003098	AATC	2	8	1337	1344	50 %	25 %	0 %	25 %	15902045
27	NC_003098	AAT	2	6	1358	1363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15902045
28	NC_003098	TAA	2	6	1538	1543	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15902046
29	NC_003098	ATTT	2	8	1546	1553	25 %	75 %	0 %	0 %	15902046
30	NC_003098	AG	3	6	1576	1581	50 %	0 %	50 %	0 %	15902046
31	NC_003098	A	7	7	1699	1705	100 %	0 %	0 %	0 %	15902046
32	NC_003098	CTT	2	6	1729	1734	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15902046
33	NC_003098	CTT	2	6	1746	1751	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15902046
34	NC_003098	CTT	2	6	1756	1761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15902046
35	NC_003098	GTA	2	6	1773	1778	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902046
36	NC_003098	AGCA	2	8	1910	1917	50 %	0 %	25 %	25 %	15902046
37	NC_003098	ATT	2	6	1953	1958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15902046
38	NC_003098	TGC	2	6	1973	1978	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15902046
39	NC_003098	AG	3	6	1988	1993	50 %	0 %	50 %	0 %	15902046
40	NC_003098	A	6	6	2082	2087	100 %	0 %	0 %	0 %	15902046
41	NC_003098	A	7	7	2098	2104	100 %	0 %	0 %	0 %	15902046
42	NC_003098	TGA	2	6	2108	2113	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902046
43	NC_003098	GAT	2	6	2169	2174	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902046
44	NC_003098	ACT	2	6	2304	2309	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15902046
45	NC_003098	GTT	2	6	2412	2417	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15902046
46	NC_003098	GTAAA	2	10	2446	2455	60 %	20 %	20 %	0 %	15902046
47	NC_003098	GAA	2	6	2457	2462	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902046
48	NC_003098	ACTT	2	8	2514	2521	25 %	50 %	0 %	25 %	15902046
49	NC_003098	GATT	2	8	2522	2529	25 %	50 %	25 %	0 %	15902046
50	NC_003098	CAG	2	6	2602	2607	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15902046
51	NC_003098	TTG	2	6	2741	2746	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15902047
52	NC_003098	A	6	6	2752	2757	100 %	0 %	0 %	0 %	15902047
53	NC_003098	AAAAT	2	10	2833	2842	80 %	20 %	0 %	0 %	15902047
54	NC_003098	TGT	2	6	2859	2864	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15902047
55	NC_003098	ATG	2	6	2866	2871	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902047
56	NC_003098	ATT	2	6	2905	2910	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15902047
57	NC_003098	CAG	2	6	3010	3015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15902048
58	NC_003098	GCA	2	6	3084	3089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15902048
59	NC_003098	TGG	2	6	3127	3132	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15902048
60	NC_003098	AACT	2	8	3157	3164	50 %	25 %	0 %	25 %	15902048
61	NC_003098	TGA	3	9	3320	3328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902048
62	NC_003098	AATT	2	8	3403	3410	50 %	50 %	0 %	0 %	15902048
63	NC_003098	TTC	2	6	3505	3510	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15902048
64	NC_003098	AGA	2	6	3530	3535	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902048
65	NC_003098	GAC	2	6	3605	3610	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15902048
66	NC_003098	CAAA	2	8	3680	3687	75 %	0 %	0 %	25 %	15902048
67	NC_003098	AGT	2	6	3719	3724	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902048
68	NC_003098	GAA	2	6	3747	3752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902048
69	NC_003098	GAT	2	6	3765	3770	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902048
70	NC_003098	A	6	6	3777	3782	100 %	0 %	0 %	0 %	15902048
71	NC_003098	CTTG	2	8	3848	3855	0 %	50 %	25 %	25 %	15902048
72	NC_003098	ACTT	2	8	3864	3871	25 %	50 %	0 %	25 %	15902048
73	NC_003098	AAG	2	6	3886	3891	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902048
74	NC_003098	CTC	2	6	3925	3930	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15902048
75	NC_003098	AGC	2	6	3932	3937	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15902048
76	NC_003098	TAT	2	6	3941	3946	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15902048
77	NC_003098	AAG	2	6	4033	4038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902048
78	NC_003098	GAA	2	6	4053	4058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902048
79	NC_003098	AT	3	6	4067	4072	50 %	50 %	0 %	0 %	15902048
80	NC_003098	AAAT	2	8	4180	4187	75 %	25 %	0 %	0 %	15902049
81	NC_003098	AAACA	2	10	4235	4244	80 %	0 %	0 %	20 %	15902049
82	NC_003098	TTGA	2	8	4261	4268	25 %	50 %	25 %	0 %	15902049
83	NC_003098	GAA	2	6	4278	4283	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902049
84	NC_003098	AC	3	6	4300	4305	50 %	0 %	0 %	50 %	15902049
85	NC_003098	A	6	6	4352	4357	100 %	0 %	0 %	0 %	15902049
86	NC_003098	ATGA	2	8	4384	4391	50 %	25 %	25 %	0 %	15902049
87	NC_003098	TTA	2	6	4414	4419	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15902049
88	NC_003098	GAT	2	6	4462	4467	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902049
89	NC_003098	CAG	2	6	4511	4516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15902049
90	NC_003098	TAT	2	6	4539	4544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15902049
91	NC_003098	ATTGGA	2	12	4582	4593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902049
92	NC_003098	GTT	2	6	4615	4620	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15902049
93	NC_003098	CAT	2	6	4621	4626	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15902049
94	NC_003098	GAT	2	6	4648	4653	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902049
95	NC_003098	ACT	2	6	4700	4705	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15902049
96	NC_003098	A	6	6	4717	4722	100 %	0 %	0 %	0 %	15902049
97	NC_003098	TTA	2	6	4765	4770	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15902050
98	NC_003098	A	6	6	4798	4803	100 %	0 %	0 %	0 %	15902050
99	NC_003098	CTA	2	6	4859	4864	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15902050
100	NC_003098	TTGCAA	2	12	4871	4882	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15902050
101	NC_003098	AGA	2	6	4896	4901	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902050
102	NC_003098	GAT	2	6	5002	5007	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902050
103	NC_003098	TGG	2	6	5015	5020	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15902050
104	NC_003098	A	6	6	5042	5047	100 %	0 %	0 %	0 %	15902050
105	NC_003098	T	6	6	5073	5078	0 %	100 %	0 %	0 %	15902050
106	NC_003098	GCA	2	6	5119	5124	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15902050
107	NC_003098	GATT	2	8	5129	5136	25 %	50 %	25 %	0 %	15902050
108	NC_003098	GAA	2	6	5188	5193	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902050
109	NC_003098	GAG	2	6	5282	5287	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15902050
110	NC_003098	T	6	6	5338	5343	0 %	100 %	0 %	0 %	15902050
111	NC_003098	TGA	2	6	5346	5351	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902050
112	NC_003098	GAAA	2	8	5394	5401	75 %	0 %	25 %	0 %	15902050
113	NC_003098	GA	3	6	5445	5450	50 %	0 %	50 %	0 %	15902050
114	NC_003098	AGA	2	6	5529	5534	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902050
115	NC_003098	TGA	2	6	5655	5660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902050
116	NC_003098	TGA	2	6	5672	5677	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902050
117	NC_003098	AGA	2	6	5721	5726	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902050
118	NC_003098	A	6	6	5788	5793	100 %	0 %	0 %	0 %	15902050
119	NC_003098	TCAAT	2	10	5862	5871	40 %	40 %	0 %	20 %	15902050
120	NC_003098	TTTTC	2	10	5902	5911	0 %	80 %	0 %	20 %	15902050
121	NC_003098	AGA	2	6	5916	5921	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902050
122	NC_003098	A	7	7	5935	5941	100 %	0 %	0 %	0 %	15902050
123	NC_003098	ATT	2	6	5953	5958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15902050
124	NC_003098	GGA	2	6	5994	5999	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15902050
125	NC_003098	CGT	2	6	6163	6168	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15902050
126	NC_003098	ACA	2	6	6177	6182	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15902050
127	NC_003098	AG	3	6	6195	6200	50 %	0 %	50 %	0 %	15902050
128	NC_003098	TGT	2	6	6237	6242	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15902050
129	NC_003098	CAT	2	6	6244	6249	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15902050
130	NC_003098	AT	3	6	6384	6389	50 %	50 %	0 %	0 %	15902050
131	NC_003098	TAAAT	2	10	6420	6429	60 %	40 %	0 %	0 %	15902050
132	NC_003098	TGA	2	6	6486	6491	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902050
133	NC_003098	ACTCT	2	10	6501	6510	20 %	40 %	0 %	40 %	15902050
134	NC_003098	TGA	4	12	6546	6557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902050
135	NC_003098	TGA	2	6	6570	6575	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902050
136	NC_003098	GAT	2	6	6598	6603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902050
137	NC_003098	GTA	2	6	6611	6616	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902050
138	NC_003098	CGA	2	6	6761	6766	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15902050
139	NC_003098	A	6	6	6856	6861	100 %	0 %	0 %	0 %	15902050
140	NC_003098	TGT	2	6	6942	6947	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15902050
141	NC_003098	TGA	2	6	6965	6970	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902050
142	NC_003098	TGA	2	6	6975	6980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902050
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146	NC_003098	ACT	3	9	7390	7398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15902050
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149	NC_003098	GTCG	2	8	7498	7505	0 %	25 %	50 %	25 %	15902050
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152	NC_003098	TTA	2	6	7723	7728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15902050
153	NC_003098	AAACG	2	10	7744	7753	60 %	0 %	20 %	20 %	15902050
154	NC_003098	GCTAAC	2	12	7759	7770	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15902050
155	NC_003098	GTA	2	6	7951	7956	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902050
156	NC_003098	TTGGT	2	10	7973	7982	0 %	60 %	40 %	0 %	15902050
157	NC_003098	GAAA	2	8	8020	8027	75 %	0 %	25 %	0 %	15902050
158	NC_003098	ATA	2	6	8030	8035	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15902050
159	NC_003098	CAATT	2	10	8042	8051	40 %	40 %	0 %	20 %	15902050
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162	NC_003098	CTG	2	6	8203	8208	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15902050
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171	NC_003098	CGT	2	6	8636	8641	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15902052
172	NC_003098	TGA	2	6	8649	8654	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902052
173	NC_003098	TTGATT	2	12	8693	8704	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15902052
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175	NC_003098	TGA	2	6	8812	8817	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902052
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257	NC_003098	AAT	2	6	12186	12191	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15902056
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262	NC_003098	AAG	2	6	12412	12417	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902056
263	NC_003098	TTC	2	6	12478	12483	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15902056
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265	NC_003098	ATTCT	2	10	12609	12618	20 %	60 %	0 %	20 %	15902056
266	NC_003098	ATG	2	6	12633	12638	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902056
267	NC_003098	GAG	2	6	12649	12654	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15902056
268	NC_003098	GTA	2	6	12685	12690	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15902056
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271	NC_003098	GAA	2	6	12753	12758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902056
272	NC_003098	GTT	2	6	12777	12782	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15902056
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275	NC_003098	CT	3	6	12980	12985	0 %	50 %	0 %	50 %	15902056
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402	NC_003098	TCCA	2	8	26260	26267	25 %	25 %	0 %	50 %	15902069
403	NC_003098	CAT	2	6	26271	26276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15902069
404	NC_003098	AAG	2	6	26396	26401	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15902069
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